Linux安裝pytorch和scanpy

裝了六天，終于裝上了，含淚記錄

最近在看一篇論文，準備跑一下他的開源代碼，依賴的包如下：

最終版安裝Tips

• 1.新建環(huán)境并激活：

conda create -n env_name python=3.8.1
conda activate env_name

• 2.安裝pytorch，要對應好自己的CUDA版本，最好參考官網(wǎng)的安裝命令：

conda install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=11.7 -c pytorch -c nvidia

上面的命令會將numpy一起安裝了。

• 3.安裝scanpy：

conda install -c conda-forge scanpy python-igraph leidenalg

上面的命令會把hdf5、h5py、pandas、scipy、sklearn一起安裝了。

• 4.檢驗是否安裝成功：

安裝辛酸史

向大家展示一下我艱難的安裝之旅：

• 在我的電腦的conda新建一個環(huán)境，然后挨個安裝。安裝的時候嚴格按照每個包的版本號來安裝的，但是在安裝的時候h5py裝上了就是import不了，遂刪除環(huán)境。
• 單獨在電腦上安裝了hdf5，再重新安裝新的環(huán)境，h5py能用了，但在pycharm中用該環(huán)境跑代碼時，import scanpy老是報錯，說是元組沖突，遂刪除環(huán)境。
• 創(chuàng)建一個新環(huán)境，首先直接安裝scanpy，發(fā)現(xiàn)在安裝的時候h5py、numpy、sklearn這些包也一并安裝上了，再安裝pytorch就行了。再運行代碼，import部分終于過了，可是我安裝的pytorch是CPU版本的，跑不了，并且電腦沒有NVIDIA顯卡，遂放棄用電腦安裝，轉(zhuǎn)戰(zhàn)實驗室的服務(wù)器。
• 在服務(wù)器上按照上述步驟重新安裝，但安裝完scanpy，再安裝1.6.0的pytorch，conda就顯示conflict，只能安裝更高版本的pytorch，但CUDA版本是10.1，它所支持的pytorch包都conflict了，遂刪除環(huán)境重新安裝CUDA至11.7（這個安了一天還是沒弄好，請師兄幫忙才弄好的）。

• 創(chuàng)建一個新環(huán)境，先安裝scanpy，再安裝pytorch，這下該好了吧？哼哼！結(jié)果確實能import，但pytorch的cuda還是不能用啊啊啊啊_(:зゝ∠)_（之前在服務(wù)器上裝也是不能用，還以為只是cuda版本的問題），遂刪除環(huán)境。

• 創(chuàng)建一個新環(huán)境，先安裝pytorch，再安裝scanpy（其余的包在安裝這倆的時候也安上了，也不用擔心包沖突了），終于能用了，撒花！

總結(jié)

以上為個人經(jīng)驗，希望能給大家一個參考，也希望大家多多支持腳本之家。

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