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conda創(chuàng)建環(huán)境、安裝包、刪除環(huán)境步驟詳細(xì)記錄

 更新時(shí)間:2022年08月15日 14:34:04   作者:Begonia_cat  
對(duì)于生信工作者,有一個(gè)方便可用的環(huán)境可以極大地方便我們開(kāi)展分析,conda可以讓我們?cè)诜莚oot的情況下較為方便地切換不同的工作環(huán)境,下面這篇文章主要給大家介紹了關(guān)于conda創(chuàng)建環(huán)境、安裝包、刪除環(huán)境步驟的相關(guān)資料,需要的朋友可以參考下

前言

在跑項(xiàng)目時(shí),常常會(huì)安裝很多的包,也通常會(huì)遇到需要安裝指定版本的包,以及包與包不兼容的問(wèn)題。

比如:在項(xiàng)目1中安裝librosa時(shí),會(huì)自動(dòng)安裝相應(yīng)版本的numpy。而如果你把各個(gè)項(xiàng)目都放在一個(gè)環(huán)境下,且項(xiàng)目2需要的numpy并不是這個(gè)版本,可能就會(huì)被替換,從而出現(xiàn)不兼容的問(wèn)題。

因此,建議在運(yùn)行項(xiàng)目時(shí),針對(duì)每一個(gè)項(xiàng)目單獨(dú)創(chuàng)建環(huán)境,這樣能夠保證各個(gè)項(xiàng)目之間的環(huán)境互不影響。在運(yùn)行指定項(xiàng)目時(shí),只需要激活該項(xiàng)目所在的環(huán)境即可。

通常我們安裝完anaconda后,電腦本地會(huì)有一個(gè)base環(huán)境,不過(guò)我們通常不在base環(huán)境下跑項(xiàng)目。接下來(lái)一起學(xué)一學(xué)如何創(chuàng)建項(xiàng)目需要的環(huán)境吧!

1、創(chuàng)建環(huán)境

conda create -n 環(huán)境名 python=版本號(hào)

例如:conda create -n myproject python=3.7

此處表示新建一個(gè)名為myproject的環(huán)境,python版本為3.7

2、激活環(huán)境

conda activate 環(huán)境名

例如:conda activate myproject

3、安裝包

(1)手動(dòng)一個(gè)一個(gè)安裝

pip install 包名

例如:pip install librosa

安裝指定版本的包

pip install 包名==版本號(hào)

?注意是==哦!

(2)批量安裝

常見(jiàn)于復(fù)現(xiàn)代碼時(shí),通常原作者都將環(huán)境所需要的包放在requirements.txt文檔中,此時(shí)我們只需要

①將目錄切換到requirements.txt所在的位置。

cd 目錄

②執(zhí)行命令

pip install -r requirements.txt

此時(shí),pip install命令會(huì)逐一讀取requirements.txt中的內(nèi)容。

省時(shí)省力!

如果執(zhí)行命令時(shí)報(bào)錯(cuò),就看一下文檔里是否有注釋語(yǔ)句,刪除注釋語(yǔ)句。(筆者的親身經(jīng)歷,不過(guò)尚不知道原理)

我們自己應(yīng)該怎么寫requirements.txt呢?很簡(jiǎn)單,如下圖所示,把需要的包按照包名==版本號(hào)的格式,寫入txt文檔中即可:

4、卸載包

(1)手動(dòng)一個(gè)一個(gè)卸載

卸載已安裝的包

pip uninstall 包名

卸載指定版本的包

pip uninstall 包名==版本號(hào)

(2)批量卸載

①切換到requirements.txt文件所在目錄

cd 目錄

②執(zhí)行命令

conda uninstall -t requirements.txt

5、查看當(dāng)前環(huán)境中所有已安裝的包

conda list

6、退出當(dāng)前環(huán)境

方法1:激活base環(huán)境即可

conda activate base

方法2:deactivate直接退出

conda deactivate 環(huán)境名

7、查看電腦上所有已創(chuàng)建的環(huán)境

conda info --env

8、刪除不需要的環(huán)境

conda remove -n 環(huán)境名 --all

例如:conda remove -n myproject --all

補(bǔ)充:關(guān)于R的友情提醒

自己在配置好conda后,使用R,會(huì)提示缺少library,在我的報(bào)錯(cuò)中是缺少庫(kù)文件 (之前忘了保存圖了)。

libiconv.so.2:cannot open shared object file: No such file or directory

但是不在conda的環(huán)境下啟動(dòng)R就沒(méi)事,使用 ` locate ` 整個(gè)服務(wù)器都沒(méi)有發(fā)現(xiàn)類似的文件,這個(gè)時(shí)候需要使用conda安裝libiconv才可以正常使用R。

之前搜索問(wèn)題的時(shí)候,看到健明老師有過(guò)類似的問(wèn)題,不過(guò)我們?nèi)鄙俚膸?kù)文件名稱不一樣。大家如果遇到類似的問(wèn)題,可以安裝庫(kù)試試。

總結(jié) 

到此這篇關(guān)于conda創(chuàng)建環(huán)境、安裝包、刪除環(huán)境步驟的文章就介紹到這了,更多相關(guān)conda創(chuàng)建環(huán)境 安裝包內(nèi)容請(qǐng)搜索腳本之家以前的文章或繼續(xù)瀏覽下面的相關(guān)文章希望大家以后多多支持腳本之家!

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