R語言繪制Bubble Matrix氣泡矩陣圖

更新時間：2022年02月18日 11:02:34 作者：黃小仙

這篇文章主要為大家介紹了R語言繪制Bubble Matrix氣泡矩陣圖的示例詳解，有需要的朋友可以借鑒參考下，希望能夠有所幫助祝大家多多進步

今天要給大家介紹的是氣泡矩陣圖，要模仿的圖形如下。小仙同學一直有一個困惑：什么樣的數(shù)據(jù)應該畫什么類型的圖，才能精確地展示數(shù)據(jù)表達出自己的意思？
對于氣泡矩陣圖，小仙有同樣的困惑。研究了一下，也只能理解個大概，暫且認為就是坐標軸相同的兩種數(shù)據(jù)集可以用一張氣泡矩陣圖來展示，氣泡的大小和顏色可呈現(xiàn)兩種不同的信息。

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Step1. 繪圖數(shù)據(jù)的準備

首先要把你想要繪圖的數(shù)據(jù)調整成R語言可以識別的格式，建議大家在excel中保存成csv格式。

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Step2. 繪圖數(shù)據(jù)的讀取

data<-read.csv(“your file path”, header = T)
#注釋：header=T表示數(shù)據(jù)中的第一行是列名，如果沒有列名就用header=F

Step3.繪圖所需package的安裝、調用

library(reshape2)
library(ggplot2)                          
#注釋：package使用之前需要調用

Step4.繪圖

data_melt<-melt (data)
names(data_melt) = c('Gene', 'Cell', 'Value')
#注釋：melt()函數(shù)把表格中的寬數(shù)據(jù)變成長數(shù)據(jù)
p<-ggplot(data_melt, aes(x = Gene, y = Cell, size = Value, color=Cell)) + geom_point()

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Step5.美化

p<-ggplot(data_melt, aes(x = Gene, y = Cell, size = Value, color=Cell)) + geom_point()+
  theme(panel.background = element_blank(),
        panel.grid.major = element_line(colour = "gray"),
        panel.border = element_rect(colour="black",fill=NA))

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