解決R語(yǔ)言中install_github中無(wú)法安裝遇到的問(wèn)題

更新時(shí)間：2021年04月20日 11:26:52 作者：qq_41858657

這篇文章主要介紹了解決R語(yǔ)言中install_github中無(wú)法安裝遇到的問(wèn)題，具有很好的參考價(jià)值，希望對(duì)大家有所幫助。一起跟隨小編過(guò)來(lái)看看吧

第一個(gè)問(wèn)題：

然而對(duì)于今天的我來(lái)說(shuō)，那就太天真了，首先踏入的第一個(gè)坑：

無(wú)法打開URL’http://yihui.name/xran/src/contrib/PACKAGES’ Warning in install.packages : 從zip文件中抽取1時(shí)出了錯(cuò)

類似于無(wú)法訪問(wèn)的錯(cuò)誤，第一步的解決辦法，就是改變包的鏡像。

在Tools->Global Options->packages->change->china Beijing.

如下圖所示：

在這里插入圖片描述

這可能是R新版本的默認(rèn)設(shè)置為外國(guó)版本，之前的版本上沒(méi)有遇到過(guò)類似鏡像的問(wèn)題，解決完這里，如果是稍微簡(jiǎn)單點(diǎn)的問(wèn)題就可以被解決了，然而我的路才剛剛開始。

第二個(gè)問(wèn)題：

要在https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/網(wǎng)站中下載rtools錯(cuò)誤大概就是這么寫的，具體我已經(jīng)無(wú)法還原了，相信這個(gè)報(bào)錯(cuò)大家都能看懂，下載未被凍結(jié)或鎖定的rtools，注意安裝時(shí)要選擇自動(dòng)添加路徑，不然還得手動(dòng)添加，容易出錯(cuò)。這一步下來(lái)，正常的包都可以安裝了。

第三個(gè)問(wèn)題

錯(cuò)誤為：

failed to receive handshake ssl/tls connection failed github

第一種方法：

始終無(wú)法訪問(wèn)github，查過(guò)許多資料，有一部分說(shuō)是IE出了問(wèn)題，在選項(xiàng)中一次勾選SSL之類的，然而我一開始沒(méi)有找到這個(gè)地方，不過(guò)好像這個(gè)方法蠻簡(jiǎn)單，大家如果遇到類似問(wèn)題可以去百度嘗試一下，

第二種方法：

很可能是因?yàn)槟愕木W(wǎng)絡(luò)被設(shè)置而代理，具體操作如下：打開IE瀏覽器，選擇工具->internet選項(xiàng)->連接->局域網(wǎng)設(shè)置->點(diǎn)擊自動(dòng)設(shè)置（若勾選，則點(diǎn)為不勾選。若不勾選，則點(diǎn)為勾選），下面的LAN設(shè)置不要勾選

第三種方法：

打開git bash,輸入下列代碼

$ git config --global http.sslBackend "openssl"
$ git config --global http.sslCAInfo c://program files//R//R-3.6.3//library//openssl//cacert.pem(此為R中cacert.pem的文件路徑)

運(yùn)行完之后退出，重新打開R,再執(zhí)行安裝命令

install.packages("devtools")
devtools::install_github("madlogos/recharts")

就OK了。

補(bǔ)充：R安裝xml2 （安裝devtools）

安裝devtools

今天看到了一個(gè)R上的一個(gè)包，似乎是要用到devtools。發(fā)現(xiàn)我linux電腦上的R并沒(méi)有裝devtools這個(gè)包。想著直接安裝一下，沒(méi)想到卻意外頻發(fā)。

R：R-4.0.0

devtools需要很多依賴包，用R自帶的

install.packages("devtools")

可以很好地解決這些問(wèn)題，但是發(fā)現(xiàn)安裝失敗。仔細(xì)檢查后發(fā)現(xiàn)是安裝xml2的時(shí)候出現(xiàn)了意外。

xml2這個(gè)包沒(méi)有裝上，導(dǎo)致了最終devtools沒(méi)有安裝成功。

安裝xml2時(shí)報(bào)錯(cuò)：

Error : unable to load shared object '/home/Litedg/Programs/R-4.0.0/lib64/R/library/00LOCK-xml2/00new/xml2/libs/xml2.so': libiconv.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory

開始以為是沒(méi)有裝libxml2、libxml2-devel。用yum裝過(guò)了一下，發(fā)現(xiàn)只是版本有些舊，但還是有的。

然后發(fā)現(xiàn)在報(bào)錯(cuò)的最前面：

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/xml2_1.3.2.tar.gz'

Content type 'application/x-gzip' length 271876 bytes (265 KB)

==================================================

downloaded 265 KB

* installing *source* package 'xml2' ...

** package 'xml2' successfully unpacked and MD5 sums checked

** using staged installation

Found pkg-config cflags and libs!

Using PKG_CFLAGS=-I/home/Litedg/Programs/anaconda3/include/libxml2 -I/home/Litedg/Programs/anaconda3/include

Using PKG_LIBS=-L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -lxml2 -L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -lz -

L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -llzma -lpthread -L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -liconv -

L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -licui18n -licuuc -licudata -lm -ldl

** libs

所以應(yīng)該是由于調(diào)用了anaconda3下面的libxml2導(dǎo)致的原因。想在環(huán)境變量中將anaconda3給注釋掉，但是會(huì)調(diào)到pymol下面，后來(lái)發(fā)現(xiàn)直接修改xml2安裝包的configure就好了。

找到xml2的安裝包。在報(bào)錯(cuò)的最后面會(huì)給出：

The downloaded source packages are in

'/tmp/RtmpUV7uZp/downloaded_packages'

Updating HTML index of packages in '.Library'

Making 'packages.html' ... done

Warning message:

In install.packages("xml2") :

installation of package 'xml2' had non-zero exit status

找到這個(gè)目錄，解壓：

cd /tmp/RtmpUV7uZp/downloaded_packages
tar -zxvf xml2_1.3.2.tar.gz

修改其中configure文件：

  xml2-config --version >/dev/null 2>&1
  if [ $? -eq 0 ]; then
    PKGCONFIG_CFLAGS=`xml2-config --cflags`
    PKGCONFIG_LIBS=`xml2-config --libs`
 
    # MacOS versions El Capitan and later ship a xml2-config which appends `xcrun
    # --show-sdk-path` to the xml2-config. So we remove it if it is present.
    # (https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2016-September/012046.html)
    if [ "$OS_TYPE" = "Darwin" ] && [ "$OS_VERSION" -gt "13" ] && [ "$OS_VERSION" -lt "17" ]; then
      PKGCONFIG_CFLAGS=`echo $PKGCONFIG_CFLAGS | perl -pe "s{\Q\`xcrun -show-sdk-path\`\E}{}"`
      PKGCONFIG_LIBS=`echo $PKGCONFIG_LIBS | perl -pe "s{\Q\`xcrun -show-sdk-path\`\E}{}"`
    fi
 
    # Fix a missing libxml2 directory on the requested include directory
    # https://github.com/r-lib/xml2/issues/296
    if [ "${OS_TYPE}" = "Darwin" ] && echo "${PKGCONFIG_CFLAGS}" | grep -sq "/usr/include$"; then
      PKGCONFIG_CFLAGS="$PKGCONFIG_CFLAGS/libxml2"
    fi
 
  else
    pkg-config --version >/dev/null 2>&1
    if [ $? -eq 0 ]; then
      PKGCONFIG_CFLAGS=`pkg-config --cflags $PKG_CONFIG_NAME`
      PKGCONFIG_LIBS=`pkg-config --libs $PKG_CONFIG_NAME`
    fi
  fi

改成：

  if [ $(command -v pkg-config) ]; then
   PKGCONFIG_CFLAGS=$(pkg-config --cflags $PKG_CONFIG_NAME)
   PKGCONFIG_LIBS=$(pkg-config --libs $PKG_CONFIG_NAME)
 fi

即可。保存退出。

使用R CMD進(jìn)行安裝（在xml2目錄下）