讀取nii或nii.gz文件中的信息即輸出圖像操作
更新時間：2020年07月01日 10:13:47 作者：無寵不驚過一生
這篇文章主要介紹了讀取nii或nii.gz文件中的信息即輸出圖像操作，具有很好的參考價值，希望對大家有所幫助。一起跟隨小編過來看看吧
讀取nii或者nii.gz文件中的信息，并且輸出圖像。
import matplotlib from matplotlib import pylab as plt import nibabel as nib from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D file = '' #你的nii或者nii.gz文件路徑 img = nib.load(file) print(img) print(img.header['db_name']) #輸出nii的頭文件 width, height, queue = img.dataobj.shape OrthoSlicer3D(img.dataobj).show() num = 1 for i in range(0, queue, 10): img_arr = img.dataobj[:,:,i] plt.subplot(5,4,num) plt.imshow(img_arr, cmap='gray') num += 1 plt.show()
補充知識：SimpleITK讀取醫(yī)學圖像 .nii 數(shù)據(jù)（2D顯示）
【環(huán)境】win10 + python3.6 + SimpleITK
nii文件是NIFTI格式的文件，出現(xiàn)的原因是原來一種圖像格式是ANALYZE 7.5 format，但是這個圖像格式缺少一些信息，比如沒有方向信息，病人的左右方位等，如果需要包括額外的信息，就需要一個額外的文件，比如ANALYZE7.5就需要一對<.hdr, .img>文件來保存圖像的完整信息。
因此，解決這個問題Data Format Working Group (DFWG) 將圖像格式完整的定義為NIFTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）格式
import SimpleITK as sitk import skimage.io as io def read_img(path): img = sitk.ReadImage(path) data = sitk.GetArrayFromImage(img) return data #顯示一個系列圖 def show_img(data): for i in range(data.shape[0]): io.imshow(data[i,:,:], cmap = 'gray') print(i) io.show() #單張顯示 def show_img(ori_img): io.imshow(ori_img[100], cmap = 'gray') io.show() #window下的文件夾路徑 path = 'D:\\datasets\\Naso_GTV\\1\\data.nii.gz' data = read_img(path) show_img(data)
img = sitk.ReadImage(path) #查看圖片深度 print(img.GetDepth()) #144 共144張圖 #查看Size print(img.GetSize()) #(512,512,144) 像素：512*512， 144張圖片
更多的函數(shù)自己去發(fā)現(xiàn)
以上這篇讀取nii或nii.gz文件中的信息即輸出圖像操作就是小編分享給大家的全部內(nèi)容了，希望能給大家一個參考，也希望大家多多支持腳本之家。
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