python sitk.show()與imageJ結(jié)合使用常見(jiàn)的問(wèn)題
在python中配置simpleITK時(shí),遇到了以下這個(gè)問(wèn)題。
simpleITK已經(jīng)通過(guò)pip install安裝,但是sitk.show()功能無(wú)法正常使用,類(lèi)似如下
實(shí)例代碼
import SimpleITK as sitk
import sys
import os
example = sitk.ReadImage("filename")
sitk.show(example)
在sitk.show()這一步會(huì)出現(xiàn)以下錯(cuò)誤
“Traceback (most recent call last):
File "", line 1, in
sitk.Show(image)
File "C:\Python27\lib\site-packages\SimpleITK.py", line 4158, in Show
return _SimpleITK.Show(*args, **kwargs)
RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK Show: ............\Build\ITK\SimpleITK-0.7.1\Code\IO\src\sitkShow.cxx:463:
sitk::ERROR: Error in administrating child process: [參數(shù)錯(cuò)誤。]”
原因是SimpleITK的圖像顯示功能是通過(guò)類(lèi)似ITK-snap,ImageJ進(jìn)行實(shí)現(xiàn)的,所以在進(jìn)行sitk.show()之前,需要對(duì)此進(jìn)行設(shè)置才能正常實(shí)現(xiàn)。
這里參考stack overflow別人給的意見(jiàn)https://stackoverflow.com/questions/43215774/can-not-linksimpleitkshow-with-fiji
ImageJ Installation
Go to https://imagej.nih.gov/ij/download.html
Make sure to download the bundled with 64-bit Java 1.8.0_112 version
ImageJ Setup
Go to https://imagej.nih.gov/ij/plugins/nifti.html
Download nifti_io.jar
Go to C:\blah\blah\ImageJ\plugins\Input-Output
Delete the existing nifti_io.jar file from the folder
Copy the downloaded nifti_io.jar file into the folder
Restart ImageJ and check if File -> Import -> NIfTI-Analyze is there
If it is there, the plugin was successfully installed
SimpleITK Setup
Find the path where your ImageJ.exe file exists
Open cmd
Type in setx SITK_SHOW_COMMAND "C:\blah\blah\ImageJ\ImageJ.exe"
You should get the message SUCCESS: Specified value was saved
Check if everything works
Restart your text editor or IDE (if it was already open)
Run your code
除了下載ImageJ操作,另外的很簡(jiǎn)單。
- 在環(huán)境變量里面添加SITK_SHOW_COMMAND ,以imageJ為例,路徑指向ImageJ-win64.exe
- 在環(huán)境變量中的path中添加%SITK_SHOW_COMMAND%
到此這篇關(guān)于python sitk.show()與imageJ結(jié)合使用常見(jiàn)的問(wèn)題的文章就介紹到這了,更多相關(guān)sitk.show()結(jié)合imageJ內(nèi)容請(qǐng)搜索腳本之家以前的文章或繼續(xù)瀏覽下面的相關(guān)文章希望大家以后多多支持腳本之家!
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