Python解析多幀dicom數(shù)據(jù)詳解
概述
pydicom是一個常用python DICOM parser。但是，沒有提供解析多幀圖的示例。本文結(jié)合相關(guān)函數(shù)和DICOM知識做一個簡單說明。
DICOM多幀數(shù)據(jù)存儲
DICOM標準中關(guān)于多幀數(shù)據(jù)存儲的最重要一部分說明是PS3.5 Annex A.4 A.4 Transfer Syntaxes For Encapsulation of Encoded Pixel Data。
無論何時，Pixel Data都存放在Pixel Data (7FE0,0010)中。有可能是直接存放的(native)，也有可能是被打包存放的(encapsulated）。常見的多幀圖一般采用打包存放的方式，特別是在數(shù)據(jù)存采用壓縮格式的時候。
在打包存放時，數(shù)據(jù)被拆分成很多數(shù)據(jù)段(Data Stream Fragment)，每個段保存成一個Tag為(FFFE,E000)的DICOM 項目(item)。其中第一個項目保存基礎(chǔ)偏移表(Basic Offset Table)，保存每個幀的起始偏移。然后，后面的數(shù)據(jù)段保存真正的數(shù)據(jù)。
**理論上，一幀（Frame）可以保存在多個數(shù)據(jù)段(Fragment)中。**但是，一個數(shù)據(jù)段不會保存兩幀的數(shù)據(jù)。實際應(yīng)用中，很少見到Frame跨數(shù)據(jù)段的情況，不過好的DICOM Parser應(yīng)該支持這種情況。這就是導(dǎo)致有些DICOM庫的接口看起來有點古怪的原因。
pydicom應(yīng)用
以pydicom 1.2為例，pydicom.encaps封裝了多幀有關(guān)的功能。解析最可能用到的幾個函數(shù)
多幀使用 pydicom.encaps來處理
pydicom.encaps.decode_data_sequence 返回每個(FFFE,E000)組成的item，形式是byte string的list。這樣一次拿到了所有fragment數(shù)據(jù)，可能比較耗內(nèi)存。注意理論上拿到的不是幀(Frame)
pydicom.encaps.generate_pixel_data 生成一個generator。每次迭代，返回做成一個fragments tuple，每個fragment是一個bytes，每個tuple是一個Frame。如果一個Fame保存在一個Fragment中。tuple就只有一個元素。
pydicom.encaps.generate_pixel_data_frame 迭代每次返回一個bytes，這個bytes代表了幀的全部數(shù)據(jù)。這應(yīng)該是最常用的函數(shù)。代碼實現(xiàn)就是把generate_pixel_data生成的tuple給拼接起來了。
這幾個方法的輸入都是pixel_array。相應(yīng)的Pydicom提供了用fp做參數(shù)的方法。
以上這篇Python解析多幀dicom數(shù)據(jù)詳解就是小編分享給大家的全部內(nèi)容了，希望能給大家一個參考，也希望大家多多支持腳本之家。
相關(guān)文章
Python實戰(zhàn)之大魚吃小魚游戲的實現(xiàn)
這篇文章主要介紹了如何利用Python制作一個經(jīng)典游戲之大魚吃小魚，文中的示例代碼講解詳細，對我們學(xué)習(xí)Python有一定幫助，需要的可以參考一下2022-04-04
這篇文章主要介紹了Python入門教程(三十五)Python中文件的打開,在Python中文件的讀取主要是用open()函數(shù),那么open()函數(shù)有哪些方法呢,今天我們就來看一看,需要的朋友可以參考下2023-05-05
這篇文章主要為大家詳細介紹了python?pygame實現(xiàn)打磚塊游戲，文中示例代碼介紹的非常詳細，具有一定的參考價值，感興趣的小伙伴們可以參考一下2022-05-05
使用selenium和pyquery爬取京東商品列表過程解析
這篇文章主要介紹了使用selenium和pyquery爬取京東商品列表過程解析,文中通過示例代碼介紹的非常詳細，對大家的學(xué)習(xí)或者工作具有一定的參考學(xué)習(xí)價值,需要的朋友可以參考下2019-08-08
Python 函數(shù)用法簡單示例【定義、參數(shù)、返回值、函數(shù)嵌套】
這篇文章主要介紹了Python 函數(shù)用法,結(jié)合實例形式分析了Python函數(shù)定義、參數(shù)、返回值及函數(shù)嵌套相關(guān)使用技巧,需要的朋友可以參考下2019-09-09
這篇文章主要介紹了Python使用scrapy爬取陽光熱線問政平臺過程解析,文中通過示例代碼介紹的非常詳細，對大家的學(xué)習(xí)或者工作具有一定的參考學(xué)習(xí)價值,需要的朋友可以參考下2019-08-08
這篇文章主要介紹了Python中使用md5sum檢查目錄中相同文件代碼分享,本文直接給出實現(xiàn)代碼,需要的朋友可以參考下2015-02-02
今天小編就為大家分享一篇使用python實現(xiàn)ftp的文件讀寫方法，具有很好的參考價值，希望對大家有所幫助。一起跟隨小編過來看看吧2019-07-07
Python疫情確診折線圖實現(xiàn)數(shù)據(jù)可視化實例詳解
數(shù)據(jù)可視化是指用圖形或表格的方式來呈現(xiàn)數(shù)據(jù)。圖表能夠清楚地呈現(xiàn)數(shù)據(jù)性質(zhì)，?以及數(shù)據(jù)間或?qū)傩蚤g的關(guān)系，可以輕易地讓人看圖釋義。用戶通過探索圖（Exploratory?Graph）可以了解數(shù)據(jù)的特性、尋找數(shù)據(jù)的趨勢、降低數(shù)據(jù)的理解門檻2022-09-09
之前我們介紹過字典的實現(xiàn)原理，它底層是基于哈希表實現(xiàn)的，而集合也是如此。本次我們來聊一下 Python 的集合是怎么實現(xiàn)的，希望對大家有所幫助2022-12-12