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python實(shí)現(xiàn)批量nii文件轉(zhuǎn)換為png圖像

更新時間：2019年07月18日 14:59:17 作者：無寵不驚過一生

這篇文章主要介紹了python實(shí)現(xiàn)批量nii文件轉(zhuǎn)換為png圖像，文中通過示例代碼介紹的非常詳細(xì)，對大家的學(xué)習(xí)或者工作具有一定的參考學(xué)習(xí)價值，需要的朋友們下面隨著小編來一起學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)吧

之前介紹過單個nii文件轉(zhuǎn)換成png圖像：

http://m.fzitv.net/article/165693.htm

這里介紹將多個nii文件（保存在一個文件夾下）轉(zhuǎn)換成png圖像。且圖像單個文件夾的名稱與nii名字相同。

import numpy as np
import os    #遍歷文件夾
import nibabel as nib #nii格式一般都會用到這個包
import imageio   #轉(zhuǎn)換成圖像
 
def nii_to_image(niifile):
 filenames = os.listdir(filepath) #讀取nii文件夾
 slice_trans = []
 
 for f in filenames:
  #開始讀取nii文件
  img_path = os.path.join(filepath, f)
  img = nib.load(img_path)    #讀取nii
  img_fdata = img.get_fdata()
  fname = f.replace('.nii','')   #去掉nii的后綴名
  img_f_path = os.path.join(imgfile, fname)
  #創(chuàng)建nii對應(yīng)的圖像的文件夾
  if not os.path.exists(img_f_path):
   os.mkdir(img_f_path)    #新建文件夾
 
  #開始轉(zhuǎn)換為圖像
  (x,y,z) = img.shape
  for i in range(z):      #z是圖像的序列
   silce = img_fdata[i, :, :]   #選擇哪個方向的切片都可以
   imageio.imwrite(os.path.join(img_f_path,'{}.png'.format(i)), silce)
            #保存圖像
 
if __name__ == '__main__':
 filepath = 'nii的文件夾'
 imgfile = 'image的文件夾'
 nii_to_image(filepath)

代碼是我自己寫的，用于處理ADNI的nii格式完全有效。

以上就是本文的全部內(nèi)容，希望對大家的學(xué)習(xí)有所幫助，也希望大家多多支持腳本之家。

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